Application of Gaussian mixture model and proteomic databases in the mass spectra analysis – architecture of software of comprehensive mass spectrometry data processing
Artykuł w czasopiśmie
| Status: | |
| Autorzy: | Plechawska-Wójcik Małgorzata |
| Rok wydania: | 2010 |
| Wersja dokumentu: | Drukowana | Elektroniczna |
| Język: | angielski |
| Numer czasopisma: | 2A |
| Wolumen/Tom: | 31 |
| Strony: | 289 - 302 |
| Efekt badań statutowych | NIE |
| Materiał konferencyjny: | NIE |
| Publikacja OA: | TAK |
| Licencja: | |
| Sposób udostępnienia: | Witryna wydawcy |
| Wersja tekstu: | Ostateczna wersja opublikowana |
| Czas opublikowania: | W momencie opublikowania |
| Abstrakty: | angielski | polski |
| This paper presents assumptions of the protein mass spectra analysis software. All the spectra are modeled with Gaussian Mixture Models. Estimation of model parameters is done by means of an Expectation-Maximization algorithm. The obtained parameters are used for a further biological analysis. The software is integrated with four huge protein databases available on-line. The biological information about proteins may be achieved on the chosen level of some detail. | |
| Artykuł przedstawia założenia systemu służącego analizie widm masowych białek. Widma są modelowane za pomocą mieszanin rozkładów normalnych. Oszacowanie ich parametrów oparte jest na algorytmie Expectation-Maximization. Uzyskane parametry są poddawane dalszej analizie biologicznej. System jest zintegrowany z czterema dużymi białkowymi bazami danych dostępnymi on-line. Informacja biologiczna dotycząca zawartych w widmie białek może być uzyskana na wybranym stopniu szczegółowości. |
